Le processus de certification H&E comporte différentes étapes visant à juger de la conformité du projet de construction considéré par rapport au référentiel H&E en vigueur. Ces étapes permettent notamment à un examinateur de juger de la performance technique du projet. Cette évaluation s'effectue à travers une étude préparatoire en phase Avant-Projet et des évaluations (l'une provisoire, l'autre définitive) réalisées respectivement en phase DCE (Dossier de Consultation des Entreprises) avec un examen des pièces écrites et avant le démarrage des travaux pour l'examen des dossiers marchés.
Parallèlement à cela, un auditeur procède à un audit du projet en phase Avant-Projet afin de juger de la qualité du management environnemental de l'opération et des mesures prises pour le respect des exigences du thème "Chantier propre" si celui a été retenu (tous les profils hors profil E). Cet auditeur est une personne différente de l'examinateur technique.
A l’issue de l’évaluation définitive, l’examinateur adresse à CERQUAL son rapport dans lequel il tient également compte des conclusions du rapport d’Audit du projet. Si aucun écart n'est à signaler et si tous les écarts précédemment relevés ont été levés, CERQUAL procède alors à la validation de l'audit qui signifie, pour la maîtrise d'ouvrage, l'obtention de la certification H&E.
Enfin, au terme de la phase chantier, des contrôles de conformité sont réalisés par CERQUAL afin de s'assurer notamment de la bonne tenue des engagements liés aux exigences des thèmes "Chantier propre" et "Gestes verts" et, parfois, de réaliser des vérifications techniques in situ.
