L’association HQE® et ses différents partenaires nationaux ont souhaité étendre leur concept de Haute Qualité Environnementale aux aménagements et aux procédures d’urbanisme opérationnel : ZAC et lotissement. Ils ont mis en place une démarche HQE® Aménagement qui est actuellement expérimentée sur dix opérations pilotes en France depuis 2006 jusqu’en 2009. Cette démarche est à la charnière entre les démarches existantes à l'échelle du territoire et la démarche HQE® à l'échelle du bâtiment. 
La méthodologie a pour but de maîtriser les impacts environnementaux des opérations d'aménagement, d'accroître leur qualité globale, ainsi que celle des futures constructions, dans une perspective de développement durable. Elle est à l'usage des aménageurs privés et publics et reprend les démarches mises en place à l'échelle du territoire (schémas de cohérence territoriale (SCOT), programmes locaux de l'habitat (PLH), plans locaux d'urbanisme (PLU), agendas 21, etc.) et prépare la démarche HQE à l'échelle du bâtiment. La méthodologie s'appuie sur l'Approche Environnementale de l'Urbanisme (AEU) portée par l'ADEME et repose sur :
- un système de management d'opération (SMO) décrivant 8 phases-clés définies dans le déroulement d'une opération de qualité environnementale,
- des thématiques de qualité environnementale.
Cette méthode a deux principaux objectifs :
- Sensibiliser les aménageurs sur l'intérêt d'organiser et de gérer le déroulement d'une opération en vue d'atteindre les objectifs de qualité environnementale qu'ils se sont eux-mêmes fixés,
- Leur apporter des outils leur permettant de mettre en place une démarche de qualité environnementale.
En amont, la méthodologie tient compte des règles d'urbanisme données qui constituent les règles de base à la démarche. A l'aval, la méthodologie porte sur la sensibilisation des maîtres d'ouvrage et des futurs constructeurs et met en évidence la nécessité de mieux articuler le travail entre l'aménageur et ceux-ci.
La méthodologie aide l'aménageur à prendre en compte la qualité environnementale pour offrir un cadre de vie de qualité et durable aux usagers. Elle favorise la sensibilisation des futurs habitants et des riverains pour les inciter à tenir compte des choix d'aménagement, à les comprendre et à se les approprier. Les futurs habitants de ces quartiers issus de la démarche accepteront d'autant mieux les évolutions et les traduiront par de nouveaux comportements (ex: compostage individuel, utilisation d'ampoules à basse consommation …etc.).
Afin de garantir le succès des opérations d’aménagement, la démarche HQE® Aménagement s’appuie sur des fiches d'actions qui définissent par thème les grandes catégories d'actions à mener pour la prise en compte de la qualité environnementale dans l'aménagement (Formes urbaines – utilisation rationnelle de l'espace, Déplacements et accessibilité, Contexte social, usages et mixité, Eau, Energie – Climat, Bruit et nuisances, Climatologie et géographie, Paysage et biodiversité, Déchets et rejets…).
